2002年，联合国世界粮农组织（FAO）和世界卫生组织（WHO）共同起草了《食品益生菌评价指南》，评价指南中给出了益生菌的定义：“益生菌是活的微生物，当摄入充足的数量时，它会赋予宿主某种健康益处”。
随着人们健康意识的增强和经济社会等因素的影响, 益生菌越来越受到人们的重视。益生菌特有的保健功能而引发的相关研究日渐热门。益生菌的应用已被深入的研究并在不断的发展中, 它不仅仅被应用于食品中, 而且在医药、畜牧业也有着广泛的应用。虽然益生菌的研究历史不过百年, 但是发展速度很快, 在菌种开发产品研发方面都取得了进步。
目前, 世界上许多科学家也在研究如何利用益生菌中的活性, 激活免疫功能, 使它更好的调节免疫系统、控制肿瘤和抑制癌症、改善肠胃环境，甚至可以用于辅助治疗某些精神类疾病，为人类的健康作更大的贡献。
多方研究标明，益生菌具有调节体内微生态平衡、恢复正常生理功能、预防或治疗疾病、促进健康的功效。总结归纳为：
预防或改善腹泻
缓解乳糖不耐症
改善便秘
辅助治疗幽门螺杆菌引发的肠胃疾病
增强人体免疫力
促进消化
降低血清胆固醇
辅助治疗糖尿病
延缓衰老
目前，益生菌大体上可以分为三类：
乳杆菌类（如嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、植物乳杆菌）；
双歧杆菌类（如长双歧杆菌、短双歧杆菌）；
革兰阳性球菌（如嗜热链球菌、粪链球菌、乳链球菌）
此外，有些酵母菌等也可以归入益生菌的范畴。
被应用到食品中的益生菌应具有以下功能性要求:
耐酸耐胆盐；
可粘附在上皮表面并且能在人的胃肠道存活；
免疫刺激, 并不引起某些炎症；
对病原菌有拮抗作用, 如幽门螺杆菌、沙门氏菌、单核细胞增生李斯特氏菌、艰难梭菌等。
同时还得具备以下的加工性要求：
好的感观特性；
抗噬菌体；
加工过程中存活；
在产品和储藏过程中稳定。
益生菌在食品加工生产过程中被当做天然发酵剂广泛应用--在乳制品行业生产发酵乳、干酪等，《GB 19302-2010国家安全标准 发酵乳》中则明确指定酸乳和风味酸乳使用的菌株仅为嗜热链球菌和保加利亚乳杆菌（德氏乳杆菌保加利亚亚种）；在肉制品行业用于生产发酵香肠；在果蔬行业，用于生产泡菜、果蔬汁饮料；近几年还有研究人员将乳酸菌、酵母和谷物混合也得到了感官风味较好的产品；在婴幼儿食品中则是作为益生菌补充剂。
目前，我国可以用于保健食品的益生菌菌种有：两歧双歧杆菌（Bifidobacterium bifidum）、婴儿双歧杆菌（Bifidobacterium infantis）、长双歧杆菌（Bifidobacterium longum）、短双歧杆菌（Bifidobacterium breve）、青春双歧杆菌（Bifidobacterium adolescentis）、德氏乳杆菌保加利亚种（Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus）、嗜酸乳杆菌（Lactobacillus acidophilus）、干酪乳杆菌干酪亚种（Lactobacillus casei subsp. Casei）、嗜热链球菌（Streptococcus thermophilus）、罗伊氏乳杆菌（Lactobacillus reuteri）。
从益生菌首次被定义至今，不到百年的时间里，益生菌这一产业迅猛发展，菌种开发、产品研究等都取得了长足的进步。虽然我国对微生态这一领域研究起步较晚于国外，核心菌种也长期依赖于进口，但令人欣慰的是由内蒙古大学张和平教授带领的科研团队从酸马奶中筛分得到的干酪乳杆菌Zhang、乳双歧杆菌V9、植物乳杆菌P-8 等35 株乳酸菌已经实现了产业化，并且广泛应用于食品工业、健康医疗、畜牧养殖和农业种植等领域。部分产品在国内多家三甲医院已经投入到临床应用。在解决肠道菌群失衡、抵抗力差等方面都有较好效果。
随着人们对健康生活的愈加重视，我国益生菌市场迅速发展。如何规范益生菌产品市场、如何充分利用益生菌菌种提高产品价值、如何结合高新技术提高益生菌的生物利用率等等都成为了我国益生菌市场亟待解决的问题。
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